新疆建省之舉，清朝朝野醞釀已久，早在嘉慶二十五年(1820年)，著名政治家龔自珍撰寫了著名的《西域置行省議》，提出新疆建省設想。而后清軍收復新疆時，左宗棠在光緒三年(1877年)上呈的奏折里已提出“設行省、改郡縣，為新疆畫久安長治之策”的意見。隨后，陜甘總督譚鐘麟、欽差大臣督辦新疆軍務劉錦棠等人又數奏論述，遂使建省之說臻于完善。光緒十年(1884年)十月，清政府發布新疆建省上諭，新疆省正式建立，按當時率領清軍驅逐阿古柏入侵勢力，并從沙俄手中收回伊犁的左宗棠的奏議中言，此時新疆的內涵是“他族逼迫，故土新歸”，意為原來是中國的領土，被外國入侵者占領后，現在重新又被收復回來。自后，通行“新疆”之名，再不使用“西域”一名。當時劉錦棠被任命為首任新疆巡撫，仍以欽差大臣督辦新疆事宜。劉錦棠就任后，將迪化直隸州升為府，新疆軍政中心由伊犁移到迪化。隨即調整配置各地軍政機構職官，伊犁將軍不再總統全疆軍政事務之責，駐軍制度與內地各省基本一致。民政方面取消伯克制度，行政建置為省以下有道、府、州、縣諸級。至清末，即宣統元年(1909年)，新疆省行政建置下轄4道，道以下共隸有6府、10廳、3州、21個縣或分縣。   
    新疆省的建立結束了自清朝乾隆以來在新疆長期實行的軍府體制，使新疆與內地行政建置一致，政令一致。新疆同中原地區的政治、經濟和文化方面的聯系更加緊密。從而增強了防范外國侵略勢力與當地反動伯克相互勾結、發動分裂叛亂的能力，促進了新疆社會的安定和經濟進一步發展，鞏固和加強了國家的統一和民族的團結。這對于新疆社會經濟的發展和進步，對于多民族統一國家的形成發展，客觀上都有不可低估的意義。它無疑是保證近代中國西部疆域安全的一項重要舉措。清王朝在當時民族矛盾、社會矛盾十分激化的背景下，能夠收復新疆，并建立新疆行省，將府縣制度全面推行于全疆，這顯然是中國歷史上應予肯定的一件大事。