1、塔里木河：突厥語，“（注入湖泊和沙漠的）河水支流”；維語，“脫韁的野馬”

2、伊犁河：準噶爾蒙古語，“光明顯達”。

3、喀什河：伊犁河支流。維吾爾語，“眉毛”。

4、特克斯河：伊犁河支流。蒙古語，“野山羊眾多的河”。

5、鞏乃斯河：蒙古語，“踏地有聲”。

6、木扎爾特河：突厥語，“冰河山口”。

7、霍爾果斯河：中哈界河。蒙古語，“糞蛋”。

8、阿克蘇河：維吾爾語，“（水）流吧”或“白水河”。

9、蓋孜河：從帕米爾高原發源。柯爾克孜語：“分水嶺”。

10、和田河：古代尉遲（部落）名。一說為蒙古語，“玉的村邑”。匯入塔里木河。

11、玉龍喀什河：和田河支流。突厥語，“白玉河”。

12、喀拉喀什河：和田河支流。突厥語，“黑玉河”、“烏玉河”。

13、克里雅河：維吾爾語“來而未定”或“村落、村鎮”。流入塔克拉瑪干沙漠中。

14、安迪爾河，在民豐縣，維吾爾語，“河邊的河”。

15、瓦石峽河，在若羌縣，維吾爾語，“繁華”。

16、車爾臣河：古代漢語名，不詳。

17、喀拉米蘭河，在且末縣境內，“喀拉”，維吾爾語，“黑色”；“米蘭”，蒙古語“米勒”，意思是：“駿馬奔馳的地方”。

18、葉爾羌河：突厥語，“朋友的村鎮”、“崖上的城市”。匯入塔里木河。

19、喀什噶爾河：突厥語，玉石集散地。匯入塔里木河。

20、克孜勒蘇河：突厥語，“紅色的水”。

21、托什干河：維吾爾語，“兔子河”。阿克蘇河的上游。

22、吐曼河，在喀什市內，維吾爾語，“霧河”。

23、庫車河，古吐火羅語，現代維吾爾語為“白”、“明亮”。

24、開都河：準噶爾蒙古語，“曲折”。

25、孔雀河：維吾爾語稱為“昆其”，意為“皮匠”或“干涸的河”。

26、額爾齊斯河：中國惟一流入北冰洋的河流。突厥語，“河流湍急”。

27、青格里河：蒙古語，“娛樂”。

28、烏倫古河：蒙古語，“斑白的河灣”。

29、布爾津河：蒙古語，“放公駝的人”。匯入額爾齊斯河。

30、禾木河：布爾津河的支流，蒙古語，“駱駝肩背”。匯入布爾津河。

31、哈納斯河：“哈納斯”，蒙古語，“陡峭”。也有人說是“圣水”，說法不一。匯入布爾津河。

32、哈巴河，蒙古語，一種小魚，也叫“葫蘆片魚”。

33、塔斯提河：哈薩克語，“多石的河”

34、額敏河，蒙古語，“馬鞍形（的河）”。

35、和布克河，蒙古語，“梅花鹿”河。

36、博爾塔拉河：蒙古語，“灰色的草原”。

37、烏魯木齊河：蒙古語，優美的牧場。

38、阿拉溝：蒙古語，為一（可治病的）藥材之名。水量大時進入艾丁湖。

39、呼圖壁河：蒙古語，“吉祥”。流入沙漠。

40、瑪納斯河：蒙古語，“巡邏者”。流入瑪納斯湖。

41、奎屯河：蒙古語，“寒冷”。